Projemiz Tübitak Bölge 2.si oldu

Biyoloji Öğretmenimiz Pınar Karakaş SARI danışmanlığında 11/C sınıfı öğrencilerimizden Ayşenur SERT ve Merve YILMAZ tarafından hazırlanan biyoloji projemiz bu yıl 44.sü düzenlenen Tubitak Ortaöğretim Öğrencileri Arası Proje Yarışmasında Bölge Finallerinde İkinci oldu.

BİYOLOJİ PROJEMİZ TÜBİTAK BÖLGE 2.Sİ OLDU

Öğretmenimiz Pınar Karakaş Sarının yaptığı; 11/C Sınıfından Beyza Alkan ve Merve Akçayın hazırladığı proje Ankarada yapılan bölge finallerinde ikinci oldu. Proje ekibimizi bu başarısından dolayı kutluyoruz

Projemiz Doesefte Türkiye 3.sü oldu

Doğanata Eğitim ve Kültür Vakfının İzmir Üniversitesi sponsorluğunda düzenlediği 1. Doesef Araştırma Projeleri yarışmasında 11/C sınıfından Halil Aktaş ve Müge İşlinin projesi Türkiye 3.sü oldu

5 Ağustos 2012 Pazar

Galeri

2011 Yılı Bahçe Düzenlememiz
Albümünün Devamı için Resime Tıklayınız
Katılanlar: Mehmet Şener, Ayşe Akçay, İhsan Dinç, Güner Akgül, Gupse Özcan, Zeynep Gürgen, Beyza Alkan, Merve Akçay,  Hüseyin Özdemir, Halil Aktaş, Ahmet Arslan, Kerem Kalaycı, Fatih Fındık, Cihan Otacıoğlu, Müge İşli, Doğun Emre, Meryem Demirtaş, Ekin Tahmaz, Orkun Engin



2011 Yılı Bahçe Düzenlememiz

Galeri - Biyoloji Öğretmenimiz Pınar K. Sarı Gözetiminde Yapılan Bahçe Düzenlemesine ait Fotoğraflar


   








4 Ağustos 2012 Cumartesi

500 Milyon Yıllık Geni Canlandırdılar

Bilim insanları, “paleo-deneysel evrim” adı verilen bir yöntem kullanarak, 500 milyon yıllık bir bakteriden alınan geni, canlı bir bakteriye aktardı.




ABD’nin Georgia Tech Üniversitesi’nde gerçekleştirilen deneyde, bilim insanları yüz milyonlarca yıl öncesine ait ‘antik genleri’ bir bakteri fosilinden alarak Escherichia Coli (E.Coli) bakterisine aktarmayı başardı. Yapılan deneyle, bin nesildir hayatta olan bakterinin milyonlarca yıldır süren evrimi daha kolay bir şekilde gözlemlenebilecek.

Georgia Tech’in NASA (ABD Ulusal Havacılık ve Uzay Dairesi) Ribozomal Orijinler ve Evrim Merkezi’nde görevli olan moleküler biyoloji uzmanı Betül Kaçar, “Bu deney sayesinde evrim ve moleküler biyoloji hakkında uzun süredir cevaplanamayan soruların karşılık bulacağına inanıyoruz... Bunlar arasında, organizmanın geçmişinin, geleceğini ne kadar kısıtladığı ve evrimin gelecekte birçok soruya cevap verdiği, belirgin bir noktaya ulaşıp ulaşmadığı var” dedi.

Kaçar, “E. Coli deneyi, hayatın moleküler bir kaset gibi nasıl tekrardan yaşandığı konusunda elde edebileceğimiz en detaylı bilgileri sunacak...Antik bir geni modern bir canlı üzerinde nasıl evrim geçirdiğini gözlemleme şansı, evrim sürecinin kendisini tekrar mı ettiğini yoksa belli bir yola mı yöneldiğini anlamamızı sağlayacak” ifadesini kullandı.


HAYALİ VE GERÇEK KARIŞIMI BAKTERİ

Kaçar’ın danışmanlarından biyolog Eric Gaucher, 2008 yılında, E.Coli için çok önemli bir protein olan Elongation Factor-Tu’nun (EF-Tu) antik genetik dizilimini deşifre etmeyi başardı. Bakterilerde bulunan en bol proteinlerden biri olan EF’ler, tüm hücresel yaşam örneklerinde yer aldığı gibi, bakterilerin hayatta kalması için de önemli bir role sahip. Bu özellikleri, bilim insanlarının EF’leri evrimle ilgili soruları cevaplamak için tercih etmelerini sağladı.

EF-Tu’yu doğru kromozon düzeninde oluşturan ve modern E.Coli’ye doğru konumda yerleştiren Kaçar, birbirinin aynısı sekiz bakteriyal dizi ortaya çıkarmayı ve “antik yaşamın” yeniden evrim geçirmesini sağladı.

Kaçar’ın ortaya çıkardığı hayali-gerçek bakteri genleri hayatta kalmayı başardı. Ancak sadece modern genlerle oluşan bakterilere oranla iki kat yavaş gelişme hızı gösterdi. Gaucher, “Üzerinde oynanan bakteri, modern kopyaları kadar sağlıklı değildi... ancak her geçen gün mutasyon geçirerek modern şartlara adapte olmaya çalışması, evrimi gözlemlemek adına en mükemmel ortamı sağladı” dedi.



Betül Kaçar ve Eric Gaucher.



ANTİK GEN MODERN PROTEİN BİLEŞİMİ
Beklendiği gibi antik genlere sahip bakterinin gelişme hızı zamanla arttı. İlk 500 evrimin ardından, bilim insanları bsekiz bakteriyal dizinin genomlarını (tüm genetik kodlarını) inceledi ve nasıl adapte olduklarına baktı.


Birçok dizinin gelişme hızı modern kopyalarınınkine eşitlendiği gibi, bazıları modern bakterilerden bile daha sağlıklı hale geldiği görüldü. Daha detaylı inceleme yapıldığında, tüm EF-Tu genlerinin mutasyonlara neden olmadığı anlaşıldı. Tersine, modern proteinler antik proteinlerle etkileşime girerek, genleri değiştirilen bakterinin adaptasyonunu hızlandırdı.

Kısaca, antik gen mutasyon geçirerek modern genlere benzemedi ancak, modern proteinler vasıtasıyla kendisine evrim geçirecek bir yol çizmiş oldu.

Araştırmada elde edilen sonuçlar, NASA Uluslararası Astrobiyoloji Bilim Konferansı’nda açıklandı. Bilim insanları, evrim deneylerine devam edeceklerini ve bu sefer proteinlerin evrim alışkanlıklarını inceleyeceklerini belirtti.



Kaynak: www.ntvmsnbc.com

25 Temmuz 2012 Çarşamba

Toprak Solucanları Yağmur Sonrası Neden Yeryüzüne Çıkar?


Sıkı bir yağmur sonrası, toprak üzerinde dikkatli bakarsanız, solucanlarının kıpır kıpır hareket ettiğini görebilirsiniz. Peki, normalde görülmeyen bu canlılar, neden yağmur sonrası yer yüzüne çıkıyorlar? Bu “ıslak” yolcuğu neden yapıyorlar?
Araştırmacılar, uzun zamandır, yer solucanlarının yağmur sonrasında yuvalarını neden terk ettiğine dair hipotezler öne sürüyor.
Bu konudaki yaygın görüş ise, solucanların yuvalarının yağmur yüzünden su altında kalması ve solucanlarınboğulmamak için yer yüzüne çıkması. Ne yazık ki bu hipotez, şehir miti olmaktan öteye gitmiyor.
Konu ile ilgili, University of Central Lancashire‘den Dr. Chris şu şekilde açıklama yapıyor. “Su altında kalarak boğulma, derileri üzerinden nefes alan yer solucanları için geçerli bir durum değil. Aksine, hayatta kalmak içinnemli bir deriye odlukça ihtiyaçları var.
Dr. Lowe‘nin de bahsettiği gibi, toprak solucanları, biz insanlar gibi boğul(a)mıyorlar. Öyle ki, su altında günlercehayatta kalabiliyorlar. Artık, toprak uzmanları, solucanların yağmur sonrası yeryüzüne göç etme sebebiyle çıktığıüzerinde duruyorlar. Dr. Lowe, solucanların bu şekilde, toprak altında katedecekleri mesafeden çok daha fazla yol alabildiklerini belirtiyor. Ne yazık ki bu tür bir göçü, neme hayati derecede ihtiyaç duyan solucanlar, hava kuru iken gerçekleştiremiyorlar.
Öte yandan, bazı toprak solucanlarının çiftleşmek için yer yüzüne çıktığı biliniyor. Ancak, bunlar, bilinen 4.400toprak solucan türünün çok küçük bir kısmını oluşturuyor. Bu sebeple, yeryüzünde yapılan yolculukların başlıca sebebi çiftleşme olarak sayılmıyor.
Diğer bir açıklamaya göre, yağmur damlalarının toprak üzerinde yaptığı titreşimler, solucanların avcılarınıntoprakta çıkardığı titreşimlere benziyor. University of Vermont‘dan Prof. Josef Gorres‘e göre bu benzer titreşimler, yağmur yağdığında solucanların, çevrede köstebek gibi avcılarının olduğunu sanmalarına yol açıyor. Solucanlar, bu avcılardan genellikle toprak üstüne çıkarak kurtuluyorlar.
Benzer yöntemi, yem sağlamak için balıkçılarda yapıyor. Solucanları bulundukları yuvalarından çıkarmak için, metal bir sopayı veya elini toprağa dikilmiş bir sopaya vuruyor, bu sayede solucanların toprak üstüne çıkmasını sağlıyorlar.

Kaynak: biyorss.com

23 Mayıs 2012 Çarşamba

Bağışıklık Sistemimizi Neanderthallere Borçlu Olabiliriz



Modern insanın Afrika‘dan başlayan göçünün Avrupa ve Asya‘ya uzandığı; bu bölgelerdeki Neanderthal ve Denisovan gibi ilkel insan türlerinin yerine geçtiği genel kabul görmekte. Hatta, bu insansı türlerin genomları üzerinde yapılan genetik çalışmalar, bu türlerin birbiriyle karıştığını da ortaya koyuyor.
Gerçekleştirilen yeni çalışma, bağışıklığımızla ilgili bazı genlerin, bu karışım sırasında, Neanderthal ve asyalı Denisovan‘lardan bize geçtiğini gösteriyor.
Büyük vücutlu avcı-toplayıcı bir grup olan Neanderthal‘ler, fosillerinin bulunduğu Almanya’daki Neander Vadisi (Alm. vadi = thal) baz alınarak isimlendirildi. Avrasya’nın çeşitli bölgelerinde, bundan 400.000 yıl öncesinden başlayanve yine günümüzden 30.000 yıl öncesine dayanan bir geçmişleri bulunuyor. Geçtiğimiz yıllarda, Max Planck Enstitüsü‘nün Neanderthal genomu üzerinde yaptığı çalışmalar,  bu türün modern insan hattı ile yarım milyon yıl önce ayrıldığını gösteriyor.


2010 yılında Neanderthal genome project adlı proje kapsamında, tüm Neanderthal genomu büyük oranda dizilendi. Dizileme sonrasında ortaya çıkan sonuçlar, insan ve neandaerthal genomunun %99.7 oranında aynı olduğunu gösteriyor. Bu oran, insan ila şempanze arasındaki %98.8′likbenzerlikten biraz daha fazla. Ayrıca, bulgular insan genomunu oluşturan genlerin %4′ünü Neanderthal’lere borçlu olduğumuzu gösteriyor.

Neanderthal genomunun büyük bir kısmı, Hırvatistan'daki Vindija mağarasında bulunan kemiklerden elde edildi.


















Konu üzerinde gerçekleştirilen yeni bir çalışma da, Stanford Üniversitesi‘nden immuno-genetikçi Peter Parham ve araştırma ekibi tarafından gerçekleştirilmiş. Çalışma, bağışıklık sisteminin anahtar bileşenleri olan human leukocyte antigen (HLA) genleri üzerine odaklanmış. HLA kodlayan genleri, dünyanın farklı yerlerindeki modern insanlarda analiz eden Parham, bu sonuçları Neanderthal ve Denisovan fosillerinden elde edilen genomlar ile karşılaştırmış.

Araştırmaya göre, bazı Neanderthal ve Denisovan‘larda bulunan belli HLAformlarının Avrupa ve Asya’daki modern insanlarda olduğu; ancak aynı formların günümüz Afrika popülasyonlarında görülmediği ortaya çıkmış. HLA genlerinin hızlı evrimleşmesi sebebiyle, bu ortak HLA’ların modern ve ilkel insanların ayrılmasından önce oluşması olanaklı görünmüyor. Bunun yerine, Afrika’dan göç eden grupların, Avrasya’daki gruplar ile karışmış olmasından kaynaklandığı düşünülüyor. Genetik çalışmalar, bu türler arası karışımın65,000 ila 90,000 yıl önce gerçekleşmiş olabileceğini gösteriyor.
Parham, Afrika’dan göç eden insanlar ile Avrupa’daki ilkel arkaik insanlar ile karşılaştığında, göçebe olanların oldukça kötü durumda olduğunu tahmin ediyor. Hastalık ve diğer tehlikeler yüzünden sayısı oldukça azalmış olan insanların, Avrasya’da 200.000 yıldır hüküm süren arkaik insanların hayatınaadapte olduğunu; adaptasyon süreci içinde türler arasında çiftleşmelerin yaşanmasının kaçınılmaz olduğunu öne sürüyor. Bu farklı türlerin çiftleşmesi,Homo sapiens‘in yeni HLA formlarını kazanmasını, ve Avrasya’da bulunanpatojenlere karşı bağışıklık kazanmasını sağlamış olabilir.
Parham‘ın yaptığı analizlerde ortaya çıkan bu belirli HLA formları, doğal bağışıklık içinde görev alıyor. Bu HLA formları, günümüzde bizi korumaya devam ediyor. Modern Asya’da oldukça sık bulunan arkaik kökenli HLA-A*11formu, Epstein Barr virüsüne karşı direnç oluşturmayı sağlıyor.

Kaynak: biyorss.com

19 Mayıs 2012 Cumartesi

Projemiz DOESEF'te Türkiye 3.sü Oldu

Doğanata Eğitim ve Kültür Vakfının  İzmir üniversitesi sponsorluğunda düzenlediği "1.Doesef Araştırma Projeleri " yarışmasında  11-C sınıfı öğrencilerimizden Halil İbrahim AKTAŞ ve Müge İŞLİ'nin "Convulvusgalacticus özütünün antitümör etkisi" konulu projesi Türkiye Üçüncüsü oldu. 


11-C sınıfı öğrencilerimizden Cihan OTACIOĞLU ve Doğan EMRE’nin "Melas’tan antikanserojen madde sentezlenmesi"  konulu projesi  de final sergisinde büyük ilgi gördü.











Okyanus Mikrobu Yeni Hidrojen Kaynağı Mı?

Sıradan bir okyanus tek hücrelisi, gelecekteki hidrojen tabanlı enerji üretimi için kaynak olabilir. Şu ana kadar, serbest hidrojen üretimi yapantüm organizmaların, bu üretimi sadece anoksik (oksijen içermeyen)ortamlarda gerçekleştirebildiği sanılıyordu. Ancak, Washington Üniversitesi’nden Himadri Pakrasi‘nin gerçekleştirdiği çalışmaya göre,Cyanothece 51142 olarak adlandırılan siyanobakteri türü, oksijen içeren atmosferik koşullarda hidrojen üretimi gerçekleştirebiliyor.
Cyanothece 51142 ilk defa 1993′te Teksas (ABD) sahillerinde Purdue Üniversitesi’nden Louis Sherman tarafından keşfedildi. Himadri Pakrasi ise, bu canlı üzerinde gerçekleştirdiği sonraki çalışmalarda, bu canlının iki basamaklı bir yaşam döngüsüne sahip olduğunu gördü. Buna göre, siyanobakteri gündüz saatlerinde fotosentez gerçekleştiriyor, ışık ve karbondioksit kullanarak, oksijen ve glikoz üretimi gerçekleştiriyor. Güneş battığında ise glikozda depoladığı enerjiyi, havadaki azotu amonyağa çevirmek (Azot fiksasyonu) için kullanıyor. Nitrogenaz enziminin kullanıldığı bu işlemde de hidrojen yan ürün olarak çıkıyor.
Normal koşullarda, bu iki işlem birbirinden oldukça farklı. Fotosentez, zorunlu olarak aerobik koşullara ihtiyaç duyarken, azot fiksasyonu ve dolaylı hidrojen üretimi, sadece anaerobik koşullarda gerçekleştirilebiliyor. Bunun temel sebebi ise, azot fiksasyonunu mümkün kılan nitrogenaz enziminin oksijen varlığında yapısını tamamen kaybetmesi.
Ancak, ilginç birşekilde Cyanothece 51142, atmosferik oksijen varlığında da azot fiksasyonu gerçekleştirebiliyor. Siyanobakteri bu sorundan, hücre içindeki oksijen miktarını düşürerek sıyrılıyor. Buna göre, siyanobakteri, fotosentez yapmadığı gece saatlerinde, hücre-içi oksijeni, yüksek oksidatif fosforilasyon metabolizması ile sıfır noktasına indiriyor. Böylece, nitrogenaz enzimi, neredeyse, anaerobik bir koşulda çalışıyor.

Prof. Himadri Pakrasi ve İçinde Cyanothece Bulunan Erlen
Prof. Himadri Pakrasi, İçinde Cyanothece Bulunan Erleni Tutuyor.
Cyanothece 51142, görünüşe göre doğal bir sirkadyen ritme sahip. İşin daha önemli kısmı, bu ritm, araştırmacılar tarafından, hidrojen üretimini artıracak şekilde değiştirilebilir.
Pakrasi, bu durumu incelemek için 12 saatlik gündüz ve 12 saatlik gece içeren bir doğal koşul yaratmış. Ve ardından siyanobakterileri48 saat boyunca kesintisiz ışığa maruz bırakılmış. Bu 48 saatlik süre içinde, hücrelerin normalde gece boyunca gerçekleştirdiğiazot fiksasyonuna ve hidrojen üretimine devam ettiğini görmüş.
Bu şekilde doğal koşullarda üretilen hidrojen miktarı -1 saatte 1 miligram klorofil başına 150 mikromol hidrojen- laboratuvar koşullarda da gerçekleştirilebilirse, 1 litrelik besiyerinde 48 saat içinde 900 ml’lik hidrojen üretimi mümkün olabilir.

Berlin Üniversitesi’nden Oliver Lenz‘e göre, siyanobakterilerin bu yolu, hidrojen üretimi için şu ana kadar bilinen etkili sistem olabilir. Aslında, Lenz de hidrojen üretimi üzerine uzun süredir çalışmalar gerçekleştiren bir araştırmacı. Kendisi, hidrogenaz kullanarak sentetik yollarla hidrojen üretmeye çalışıyor. Ne yazık ki, Lenz’in yolunda, hidrojen üretimi sadece birkaç saat sürerken, Pakrasi’nin siyanobakterilerinde bu üretim, birkaç gün boyunca devam ediyor.
Siyanobakteriler dışında, hidrojen üreten diğer bir canlı da aslında bir alg olan Chlamydomonas reinhardtii türü. Almanya’daki Bielefeld Üniversitesi‘nde bu tür üzerindeki çalışmalar, önemli başarılar elde etse de, bu algler, hidrojen üretimi için, oksijenden tamamen arınmış ortama ihtiyaç duyuyor. Cyanothece 51142′nin ise böyle bir zorunluluğu yok.
Pakrasi bundan sonra, siyanobakterileri daha büyük oranlarda kültür edecek. Kullandığı siyanobakteri miktarını artırarak, hidrojen üretiminde artış olup olmadığını inceleyecek. Cyanothece 51142 ayrıca, içerdiği hidrogenazenzimi yüzünden ürettiği hidrojenin bir kısmını kaybediyor. İleriki basamaklarda, bu enzimin etkinliği genetik olarak değiştilerek, hidrojen kaybı da azaltılabilir.

 

öğretmenlerimizi hazırladığı ders notları için tıklayınız